Hai fatto bene ad aprire le uova, è una procedura molto importante per diagnosticare i problemi dell'incubatrice.
E in questo caso direi che hai un'incubatrice non ben funzionante, io non tenterei assolutamente un'altra incubata senza aver trovato la causa di questo disastro.
A quanto pare ti sono morti quasi tutti nell'ultima settimana, quella in cui sono critici i parametri di temperatura e umidità dell'incubatrice.
Io a questo punto farei due prove:
1. mettere un contenitore con un pochino d'acqua al posto di un uovo (per esempio una tazzina da caffè con dentro tipo 50-70g di acqua), accendere l'incubatrice, lasciarla andare uno o due giorni, e poi con un termometro a mercurio tipo quelli per misurare la febbre misurerei la temperatura dell'acqua;
2. riprodurre perfettamente le condizioni di lavoro dell'incubatrice (quindi con acqua per l'umidità, incubatrice accesa un giorno prima eccetera), e metter dentro delle uova anche non gallate, ma pesate al decimo di grammo e col peso scritto a matita sul guscio. Dai cinesi per pochi euro puoi comprare una bilancina da tossici, ottima per fare questo lavoro. Se l'umidità è corretta, l'uovo deve perdere dall'8 al 10% del suo peso in tutto il ciclo di incubazione. Se lasci le uova una settimana, dovrebbero perdere circa il 3% del loro peso. Se ne perdono di più, scarseggia l'umidità, se non perdono peso, c'è troppo umido.
In realtà la cosa di segnare sull'uovo il peso esatto del giorno 0 è una cosa che andrebbe fatta sempre, e la verifica del peso andrebbe fatta insieme alla speratura, perché, come dicevo prima, nelle prime due settimane c'è parecchio margine come temperatura e umidità, mentre nell'ultima i parametri devono quadrare perfettamente, perciò se vedi che al giorno 7 il peso è sballato, molto probabilmente sei ancora in tempo per intervenire.

mi intrometto: non è che hai avuto un'interruzione di corrente e non te ne sei accorto?

sono parzialmente d'accordo per le prove ma vi sono delle considerazioni da fare....
al punto 1 le uova al loro interno hanno una densita' diversa dall'acqua e la temperatura varia in base alla densita', al punto 2 ok per il controllo con il bilancino e la perdita di peso progressivo ma vi sono 2 punti da non tralasciare, la perdita di peso progressiva nell'uovo fertile e' diverso da quello che non lo e', a essere pignoli anche la temperatura di un uovo fertile incubato di 12gg e' diverso rispetto a quello non fertile cio' avviene perche' andando avanti nella formazione dell'embrione esso comincia a produrre calore, non a caso per evitare morie embrionali nelle uova di oche queste devono essere raffredate per evitare che arrivino a temperature che l'embrione muoia.
Altra piccola nota la perdita totale di peso al momento della schiusa deve essere de 13-14 % del peso iniziale e la perdita deve essere il piu' costante possibile nell'arco di tempo...

E' vero che con l'andare del tempo gli embrioni sono in grado di produrre una minima quantità di calore, ma a noi più che la temperatura dell'uovo interessa quella dell'incubatrice: la temperatura di 37,7°C è inferiore a quella fisiologica del pollo: quando l'embrione comincia a scaldarsi, c'è qualche decimo di grado di margine.

Il senso della prova dell'acqua era di avere una massa (liquida, più o meno densa che sia) alla temperatura esatta dell'incubatrice. Una massa può essere misurata col termometro della febbre, che è fatto per non sentire l'influenza dell'aria. Ho pensato al termometro della febbre perché credo sia il sistema più preciso di rilevare una temperatura che una persona normale potrebbe avere in casa. La mia esperienza infatti è che se prendi dieci termometri digitali di buona fattura, e immergi le loro sonde nello stesso bicchiere d'acqua, leggi dieci temperature differenti, che possono avere degli scostamenti anche di 2°C. Quella di mettere un termometro nell'incubatrice è una prova che lascia il tempo che trova: ogni termometro ha la sua opinione, incluso ovviamente quello dell'incubatrice.
Il fatto è che i termometri digitali sono a termocoppia, sistema che risente di diversi fattori costruttivi che ne possono falsare anche di un paio di gradi le letture. Non sarebbero il tipo di termometro adatto per questo uso, ma costano poco e perciò tutti i costruttori le usano...

Sul calo di peso io avevo letto 8-10%, ma può darsi che sia anche il 14%. Ma è comunque un piccolo scostamento: quando un'incubatrice è secca l'uovo perde come niente anche il 25-30% del suo peso.

Sul fatto invece di usare uova non gallate, in effetti è probabile che abbiano un comportamento differente in quanto a perdita di umidità. Per cui a voler fare una prova che dia dei risultati indicativi, è sicuramente meglio usare uova gallate.

Questo è impossibile.
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Faro delle prove di temperatura e umidità e anche del peso.

Pensando a cosa poteva essere successo mi è venuto un dubbio.
Il luogo dove ho messo l'incubatrice è un locale caldaia. E' piccolo, circa 3 m2 e alto 2m. E' esposto al sole tutto il giorno per cui è abbastanza caldo. Quando c'è il sole appunto. Magari, anzi sono sicuro che ha fatto 2-3 giorni di nuvolo e pioggia qualche giorno prima del termine dei 21 giorni. Non vorrei che sia scesa troppo la temperatura.
Anche la notte magari scende troppo?! La più bassa temperatura che ho letto era di 12 gradi.

Forse è proprio questo perché sentendo l'acqua dalle vaschette di riempimento con un dito non mi sembrava certo a 38 gradi. Infatti non si asciugavano mai le vaschette, tiravo fuori l'acqua "fredda" e le riempivo con acqua calda. Non ci ho dato peso perché il termometro inserito mi dava sempre i 37-38 gradi.

Forse è meglio metterla in casa vicino a una fonte di calore?

Sì, ma santo cielo: è un'incubatrice. L'unica cosa che deve fare è mantenere al suo interno una certa temperatura, costante. Questo significa che deve poter funzionare in un range di temperatura ammissibile per una casa. Certo non sotto il sole d'estate, o all'aperto in inverno, ma all'interno di un locale civile dovrebbe proprio funzionare.
Ma tu naturalmente hai voltato le uova?

l'incubatrice non va' mai messo direttamente al sole...
tornando alla temperatura preferisco misurare solo quella internamente all'incubatrice in aria e non in liquido qualsiasi esso sia, questo solo perche' e dove si trova l'uovo, se misuri l'interno di esso sicuramente non sara' lo stesso ma sempre inferiore per motivi di trasmissione di calore, poi un termometro bagnato misura sempre meno di uno in aria ed e' che con questo principio e varie formulette che si misura tecnicamente la quantita' in gr di acqua x metrocubo che poi non e' altro l'umidita' in aria. A farla breve non puoi mai avere la stessa temperatura se essa e' indotta da aria-liquido o viceversa

Se leggi bene il libretto delle istruzioni dell'incubatrice ti dice di posizionarla in una stanza con temperatura compresa tra i 17 e i 25 gradi. Se vai tanto sotto le uova soffrono il freddo, io ho notato un generale ritardo nella schiusa.

"Misurare la temperatura dell'aria" a questo punto è inutile: lorisz81 l'ha già fatto, è risultata corretta.
A me vengono in mente tre motivi che potrebbero spiegarlo:
1. il termometro dell'incubatrice e quello impiegato per fare la seconda misura sono sballati nello stesso senso, cosa verosimile dal momento che un termometro a termocoppia non può essere preciso fino a questo punto, può sbagliare anche di uno o due gradi;
2. l'aria potrebbe non circolare bene, e potrebbe non trasmettere il calore alle uova;
3. potrebbero esserci degli spifferi, o potrebbe venir su dal basso umidità fredda.

In un modo o nell'altro bisogna misurare la temperatura delle uova. E quindi o usiamo il metodo della tazzina (che non ha nulla a che vedere ovviamente con un "termometro bagnato", perché l'acqua dentro una tazzina non è soggetta ad evaporazione), oppure possiamo provarne altri. Conficcare il termometro in un uovo? Può essere un sistema, fare un buco nel guscio e piantarci dentro il termometro della febbre.

il metodo tazzina ha una superficie all'aria e la' bene o male e' superficie di evaporazione, qualcuno ha fatto l'uovo sodo e ci ha messo il termometro ma anche qui la massa interna e' non proprio come quella di un uovo fertile in sviluppo