Visti gli elementi che hai fornito, le cause potrebbero essere diverse 
 Visto il sistema di allevamento, è probabile che partoriscano regolarmente  nelle buche e vengano mangiati da qualche predatore  ... tipo donnole, topi, gatti, ecc...  
 E' probabile anche l'eccesivo accumulo di grasso, ma hai già preso provvedimenti.
Per il maschio, è difficile trovare un coniglio che non faccia il suo dovere, prova a farle accoppiare con due maschi per avere la certezza.
E' consigliabile farle partorire dentro le gabbie, per poi mettere madre e figli a terra all'eta di almeno 40_50 gg. .