come si deve procedere per replicare un seme di cipolle particolare che dovrebbe essere quello originale?

Ciao,
la cipolla è una pianta biennale, quindi in pratica:
1) pianti il seme in semenzaio ad esempio
2) otterrai una piantina che trapianti, ti farà una cipolla normale
3) raccogli la cipolla e la tieni da parte
4) l'anno dopo ri-pianti la cipolla, questa fiorirà e da questo fiore otterrai poi i semi

i tempi delle varie operazioni dipendono dalla varietà di cipolla coltivata.
Se devi essere sicuro al 100% che il seme rimanga "originale" l'operazione 4, quindi l'impianto delle piante madri per ottenere il fiore, dovresti farlo in serra chiusa e avere l'accortezza di introdurre in serra degli insetti pronubi per assicurare l'impollinazione. Se non lo fai in serra chiusa c'è sempre il rischio che la cipolla si ibridi se ci sono altre coltivazioni o se sei vicino a qualche bosco (mi dicevano che è possibile l'ibridazione con l'aglio selvatico, non so quanti fidarmi ma non lo escludo)

grazie.allora si autoimpollinano o devo metterne due cipolle?si potrebbe anche fare col penello?

Sono sicuramente autoimpollinanti, altrimenti dovresti mettere 2 varietà diverse di cipolla e il discorso di evitare l'ibridazione andrebbe a farsi benedire.
Tieni presente che da ogni cipolla si svilupperanno diversi "globi" con i fiorellini.
Penso si potrebbe fare anche col pennello, ad ogni modo se non sei vicino ad altri orti dove fanno fare i semi ad altre varietà di cipolla io mi affiderei ad una impollinazione naturale quindi all'aperto (o in serra comunque aperta), mal che vada ti verrà qualche cipolla che non coincide perfettamente col biotipo che ti interessa e in quel caso te la mangi invece di tenerla come pianta madre per l'anno successivo.

Io coltivo per me una cipolla che è presidio slow food (anche se non sono più all'interno del presidio), i semi me li devo forzatamente autoprodurre perché non c'è una produzione di piantine o di bulbilli per la vendita e le piante madri le tengo all'aperto. Nella mia zona sono in pochi quelli che fanno i semi delle cipolle (la gente preferisce comprare i bulbilli) e grossi problemi non ne ho mai avuti